За свою историю Лига Европы не обошлась без скандалов. Одним из самых громких стало дело о договорных матчах, которое потрясло итальянский футбол в 2006 году. Также нередки случаи спорных решений судей, которые могут повлиять на исход важных матчей. Эти инциденты подчеркивают необходимость постоянного совершенствования судейства и антидопингового контроля в еврокубках.